徐州小霸王
已经知道了目的基因（SS基因）的序列 需要用什么软件分析它的信息
我不知道ss基因怎么回事，我做过16srDNA序列分析，先用chromas软件对两条链进行拼接，也可手动拼接。
选取可信度高的一段。
还可以和其他序列比对。
比对结果导出一个文件，在将这个文件导入到mega软件里，做进化树分析。
不知道对你有没有帮助。
如果你需要一些相关信息，可以进入NCBI数据库里去找。
跪求DNA分析软件：CodonCode Aligner 使用说明,教程,越详细越...
第一，都需要分析什么内容，方法是什么？分析的内容很多，看有无突变，编码区的序列编码什么蛋白，非编码区的可能调控机制等等。
有了序列才可以做下一步的工作。
我目前知道的有blast同源序列。
但是听别人说还要找什么开放阅读框，外显子的，怎么找啊。
具体点哈！网站上有的颜色不知道表示什么含义，郁闷。
UCSC genome browser (http://genome.ucsc.edu/ )是一个很好的看外显子的网站，外显子都用黑色的块表示。
第二，还有什么需要分析的？太多了，看你需要干什么。
比如要克隆，链接等，就要看有无限制性酶切位点等等。
第三，我还知道好像要设计引物什么的，干嘛用的啊？我的序列已经已知了啊。
引物是做PCR，或者继续测序用的。
第四，整个流程该是怎样的，有范例么？要从得到序列之后的，不要如何得到序列的方法的（比如双脱氧云云）。
最好留下Q请教，本人，有好的参考书籍也欢迎推荐。
感激不尽。
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《分子克隆》是一本很好的入门书，不过既然初涉分子，一切还是慢慢来，问题要一个一个问，这样才能懂。
最好是实验时遇到了问题，再来问我，这样就一个例子来教你，效果比较好。
如果你是研究生水平，那最好。
本科也没有问题。
已经知道全部的基因序列,怎么找到其中需要的功能基因序列？
楼主的问题问的太宽泛了。
请问你是具体问题出在哪里呢？你可以利用Biomart这个工具（www.biomart.org），找到种间的orthlogue关系以及各种类型的注释ID直接的对应关系。
你也可以用ncbi里面的homologene数据库去找种间的同源序列.multiple alignment可以用clust W或者mega做。
系统发育树可以用mega做。
PHYLIP好像也可以。
基因结构上可以做做gc含量，外显子大小，splicing，调控序列什么的蛋白结构预测软件很多，不过我没做过。
ncbi有一个conserved domain 的数据库，你可以和他比较下，分析下结构域。
表达情况。
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你可以找找相关的EST(ncbi)或者array（。
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这个不记得了，在ncbi上应该有别人的数据）的表达数据。
