如何运用BLAST 进行序列比对,检验引物特异性
你这匹配一致性都算不上高的,当然我也不知道你匹配的是什么了。
个人理解:覆盖率高但一致性低,说明两个序列本身的一致性就很低,进化亲缘性远覆盖率低但一致性高的话,可能在进化上还是有一定亲缘性的,只是某个片段存在较多的缺失或者某个存在较多的增加了。
如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的...
展开全部 首先找到小鼠和人类p53基因的序列,然后进ncbi首页,里面靠右的位置popular resources下第一个选项“blast”,打开以后,找“nucleotide blast”。
进到那个页面有个框就是让你输序列的,如果要比对两个序列的话,要勾选下面的一个小的单选框“Align two or more sequences ”。
就会出现两个框,分别输入人和小鼠的序列。
点最下面大大的“blast”按钮,就可以了。
希望对你有帮助,欢迎追问~...
NCBI BLAST search of P12653
我不知道ss基因怎么回事,我做过16srDNA序列分析,先用chromas软件对两条链进行拼接,也可手动拼接。
选取可信度高的一段。
还可以和其他序列比对。
比对结果导出一个文件,在将这个文件导入到mega软件里,做进化树分析。
不知道对你有没有帮助。
如果你需要一些相关信息,可以进入NCBI数据库里去找。
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