蛋白质二级结构预测软件的推荐及具体介绍
Modeller是一个蛋白质结构预测的软件: 1)支持安装在windows平台上; 2)支持基于多个模版模建结构; 3)它自身带一套模建结构后的优化,分析软件; 官方介绍: MODELLER is used for homology or comparative modeling of protein three-dimensional structures (1,2). The user provides an alignment of a sequence to be modeled with known related structures and MODELLER automatically calculates a model containing all non-hydrogen atoms. MODELLER implements comparative protein structure modeling by satisfaction of spatial restraints (3,4), and can perform many additional tasks, including de novo modeling of loops in protein structures, optimization of various models of protein structure with respect to a flexibly defined objective function, multiple alignment of protein sequences and/or structures, clustering, searching of sequence databases, comparison of protein structures, etc. MODELLER is available for download for most Unix/Linux systems, Windows, and Mac. http://salilab.org/modeller/about_modeller.html 本文详细出处参考: http://liucheng.name/459/ 我也爱莫能助~
蛋白质二级结构预测需要用到什么软件
传统的观点认为,蛋白质的一级结构决定它的三维结构,也就决定了其功能。
因此,常通过已知的蛋白质序列比对来预测未功能,或者是通过序列来预测蛋白质的一些功能。
例如,分析所获序列是否与已知蛋白质序列相似;所获序列是否含有特殊蛋白质家族或功能的保守残基。
为什么要将多重序列比对引入蛋白质二级结构预测?如何进一步提高蛋...
首先你要知道Protein二级结构预测是有根据的预测现在的二级结构预测都是建立在蛋白质序列比对的基础上进行的,在已有的数据库基础上,将你的目标序列筛选数据库,比如目标序列中的某一段序列与其他很多蛋白质中跨膜结构域的一级序列相似度极高,那么就可以推测你的目标序列中的这一段序列可能为跨膜结构域。
一般预测结构域的方法是利用2个以上的预测软件进行分析。
我原来也回答过一个关于结构预测的问题,软件多为在线的,提交后网站会返回一个文件,要用特殊的软件来打开。
当然既然是预测就有可能出现错误,更精确地方法就是用实验去验证,比如晶体衍射等方法。
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