基因片段序列比对在哪个软件中进行
这个直接到NCBI网页上,有个服务叫做BLAST,把测序得到的序列贴上去就可以了。
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以对2个序列进行比对,也可以和数据库中现有物种的序列比对。
蛋白质氨基酸序列比对等等,很多功能,是目前功能最强大的序列比对系统。
基因序列的比对方法
一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具,分析下列未知序列,输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。
一、步骤:打开google 首页,搜索VecScreen,进入VecScreen首页,复制序列,运行,View report。
二、结果:输出序列长度918bp,载体序列的区域456bp——854bp.克隆载体:M13mp18 phage,pGEM-13Zf(+),pBR322,pRKW2。
2、使用相应工具,分析下列未知序列的重复序列情况,输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。
一、步骤:进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST。
得出序列是human的。
进入google首页,搜索RepeatMasker,进入RepeatMasker主页,进入RepeatMasking,复制序列,DNA source选择human,运行!点击超链接,在结果中选择Annotation File :RM2sequpload_1287631711.out.html3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具,分析下列未知序列,输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。
一、步骤:进入google首页,搜索CpGPlot,进入CpGPlot主页,program中选择cpgreport复制序列,运行!二、结果:CpG岛的长度:385bp区域:48——432;GC数量:Sum C+G=297,百分数=77.14Obs/Exp:1.014、预测下面序列的启动子,输出可能的启动子序列及相应的位置。
一、步骤:进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST。
得出序列是human的进入google首页,搜索Neural Network Promoter Prediction,进入主页,复制序列,选择eukaryote,运行!二、结果:位置:711—761 ,1388—1438,1755—1805;5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列,分别输出内含子-外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。
一、步骤:进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST。
得出序列是human的进入google首页,搜索Splice Site Prediction,进入主页,复制序列。
Organism选择Human or other。
其他默认,运行!二、结果:供体:受体:6、对下面序列进行六框翻译,利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的,输出六框翻译(抓图)和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。
一、步骤:进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST。
得出序列是Zea的进入google首页;搜索NCBI,进入主页,选择all resources(A~Z),选择O,选择ORF finder。
复制序列,默认,运行!二、结果:ORF图三、步骤:进入google首页,搜索GENESCAN,进入主页,Organism:Maize, ,其他默认,运行!四、结果:G7、进入REBASE限制性内切酶数据库,输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。
一、步骤:进入google首页,google in English,搜索REBASE,进入主页, 分别输入AluI、MboI、EcoI,运行!在MboI中选择第一个,EcoI选择第二个。
二、结果:ENSCAN图8、使用引物设计工具,针对下列未知序列设计一对引物,要求引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃。
请写出选择的一对引物(Forward Primer and Reverse Primer)、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。
一、步骤:进入google首页,搜索genefisher,进入主页,复制fasta格式,chechk input, sunmit, ; ;设置一下引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃; 。
二、结果:GC含量:引物的位点:Tm值:产物长度:。
9、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析,用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切,并用抓图提交胶图(view gel),要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。
一、步骤:进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST,得知是linear。
进入google首页,搜索NEBcutter 2.0,进入主页,选择linear,运行!选择custom digest, ,把“1”改为“4”,选择平末端,后digest。
View gel。
选择1.4% agarose和Marker为100bp。
二、结果:然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物 NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较(BLASTN) 蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较(BLASTP) 两序列比对(Align two sequences)DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)分析实验序列外显子部分——GENSCAN(http://genes.mit.edu/GENSCAN.html)分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php) 注: Custom digest -- view gel限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)设计引物扩增实验序列——Genefisher Primer 3蛋白质序列分析及结构预测: 1.预测蛋白质的分子量及等电点:...
测序基因图软件请教
思路不对哈。
测序公司给出的测序结果包含两部分:一是测序结果,二是测序对应的信号波峰,信号主要是反应测序结果的可靠性的。
如上图所示,信号很好,那就说明测序没有问题。
你可以大胆的进行序列比较,也就是alignment。
我用DNAMAN给你演示一下吧 首先依次点击file-open special-AB1/SCF trace 打开扩展名为.ab1的测序图谱,查看没有问题。
接下来序列比较:依次点击sequence-alignment-mutiple sequence alignment 出现一个对话框 ,点击file添加扩展名.seq的基因序列----就是你所说的(目的基因序列,野生型和突变型),选DNA,按提示下一步直到完成。
对比结果就出来了。
小弟采纳我的意见吧,我最近特需要分值,以后有啥问题,记得发问找我呀。