用MEGA4软件和PHYLIP软件构建细菌进化树,结果有什么差异?
在常见的系统发育分析软件如PAUP. *[19]. 、PHYLIP .... 点,MRP及其变型在哺乳动物、高等植物、细菌等类群的系统树构建中已经得到很好的应 .... 往往是多方面的,比如DNA不同位点和不同类群进化速率的差异,一致进化(Convergent .... Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) ...
如何使用 PhyML构建进化树
展开全部 序列比对建议用ClustalX建NJ或MP树,用MEGA就可以了,非常方便若要建ML树推荐用phyML建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC如果不是专业建树的话,MEGA足够用了,建议参考下面这篇文章:一、引言开始动笔写这篇短文之前,我问自己,为什么要写这样的文章?写这样的文章有实际的意义吗?我希望能够解决什么样的问题?带着这样的疑惑,我随手在丁香园(DXY)上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索,居然有289篇相关的帖子(2006年9月12日)。
而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索,分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。
考虑到有些帖子的内容与分子进化无关,这里我保守的估计,大约有 3,000~4,000篇帖子的内容,是关于分子进化的。
粗略地归纳一下,我大致将提出的问题分为下述的几类:1.涉及基本概念例如,“分子进化与生物进化是不是一个概念”,“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”,等等。
2.关于构建进化树的方法的选择例如,“用boostrap NJ得到XX图,请问该怎样理解?能否应用于文章?用boostrap test中的ME法得到的是XXX树,请问与上个树比,哪个更好”,等等。
3.关于软件的选择例如,“想做一个进化树,不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题,并且有没有说明如何做”,“拿到了16sr RNA数据,打算做一个系统进化树分析,可是原来没有做过这方面的工作啊,都要什么软件”,“请问各位高手用ClustalX做出来的进化树与 phylip做的有什么区别”,“请问有做过进化树分析的朋友,能不能提供一下,做树的时候参数的设置,以及代表的意思。
还有各个分支等数值的意思,说明的问题等”,等等。
4.蛋白家族的分类问题例如,“搜集所有的关于一个特定domain的序列,共141条,做的进化树不知具体怎么分析”,等等。
5.新基因功能的推断例如,“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树,这个进化树能否说明这个新基因A和B同源,属于同一基因家族”,等等。
6.计算基因分化的年代例如,“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种之间的进化年代的远近,具体推算出他们之间的分歧时间”,“如何估计病毒进化中变异所需时间”,等等。
7.进化树的编辑例如生成的进化树图片,如何进行后续的编辑,比如希望在图片上标注某些特定的内容,等等。
由于相关的帖子太多,作者在这里对无法阅读全部的相关内容而致以歉意。
同时,作者归纳的这七个问题也并不完全代表所有的提问。
对于问题1所涉及到的基本的概念,作者推荐读者可参考由Masatoshi Nei与Sudhir Kumar所撰写的《分子进化与系统发育》(Molecular Evolution and Phylogenetics)一书,以及相关的分子进化方面的最新文献。
对于问题7,作者之一lylover一般使用Powerpoint进行编辑,而 Photoshop、Illustrator及Windows自带的画图工具等都可以使用。
这里,作者在这里对问题2-6进行简要地解释和讨论,并希望能够初步地解答初学者的一些疑问。
二、方法的选择首先是方法的选择。
基于距离的方法有UPGMA、ME(Minimum Evolution,最小进化法)和NJ(Neighbor-Joining,邻接法)等。
其他的几种方法包括MP(Maximum parsimony,最大简约法)、ML(Maximum likelihood,最大似然法)以及贝叶斯(Bayesian)推断等方法。
其中UPGMA法已经较少使用。
一般来讲,如果模型合适,ML的效果较好。
对近缘序列,有人喜欢MP,因为用的假设最少。
MP一般不用在远缘序列上,这时一般用NJ或ML。
对相似度很低的序列,NJ往往出现Long-branch attraction(LBA,长枝吸引现象),有时严重干扰进化树的构建。
贝叶斯的方法则太慢。
对于各种方法构建分子进化树的准确性,一篇综述(Hall BG. Mol Biol Evol 2005, 22(3):792-802)认为贝叶斯的方法最好,其次是ML,然后是MP。
其实如果序列的相似性较高,各种方法都会得到不错的结果,模型间的差别也不大。
对于NJ和ML,是需要选择模型的。
对于各种模型之间的理论上的区别,这里不作深入的探讨,可以参看Nei的书。
对于蛋白质序列以及DNA序列,两者模型的选择是不同的。
以作者的经验来说,对于蛋白质的序列,一般选择Poisson Correction(泊松修正)这一模型。
而对于核酸序列,一般选择Kimura 2-parameter(Kimura-2参数)模型。
如果对各种模型的理解并不深入,作者并不推荐初学者使用其他复杂的模型。
Bootstrap几乎是一个必须的选项。
一般Bootstrap的值>70,则认为构建的进化树较为可靠。
如果Bootstrap的值太低,则有可能进化树的拓扑结构有错误,进化树是不可靠的。
对于进化树的构建,如果对理论的了解并不深入,作者推荐使用缺省的参数。
需要选择模型的时候(例如用NJ或者ML建树),对于蛋白序列使用Poisson Correction模型,对于核酸序列使用Kimura-2参数模型。
另外需要做Bootstrap检验,当Bootstrap值过低时,所构建的进化树其拓扑结构可能存在问题。
并且,一般推荐用两种不同的方法构建进化树,如果所得到的进化树类似,则结果较为可靠。
三、软件的选择表1中列出了...
关于基因进化树的构建
ClustalX是比对的软件,谁告诉你它是可以用来建树?建树么国内用mega比较多,国外phylip比较多,参数如果有文献可以参考就用人家的参数,如果没有就自己去花力气分析分析用什么参数。
关键是选择什么method和model序列可以用全基因组的,也可以用相关的同源序列,因为比对的时候其实就已经自行寻找同源部分。
但是如果你用全基因组序列,会使得数据处理量大大增加,使运算耗费更长时间,是尽量避免的,而且如果是用于文献的话,你这样也是拿不出手的,完全就是跟人家说我是偷懒,懒得整理数据。
您好,我想问一下您已知一个基因的序列怎样作它的多序列对比和构...
利用NTSYS软件计算品种间遗传距离:1.将已赋值好的Excel文件放于桌面,假设命名为A.xls,保存为Microsoft office 5.0/95工作薄形式。
Excel文件格式设成软件识别的模式,即A1=1,表示出现等位基因;B1=132,表示等位基因数,C1=189表示品种数;D1=0表示不出现等位基因。
从A3开始,在第一列标上所有的SSR引物,从B2开始,第二行标上所有的品种名,由此得到一个数据矩阵。
2.双击NTSYS软件,选择file→edit file,选择A.xls文件,将出现NTedit1.2编辑器,点击file→sale file as选项,将导入的Excel文件转换为软件识别的格式,命名为A-1.NTS文件。
3.点击Ntsyspc2.1界面的“Similarity”,点击“Genetic distance”;在Input data file中输入A-1.NTS;在Output file中输入A-2.NTS,点击Compute;则计算好的遗传距离放在A-2.NTS文件中。
4.点击Ntsyspc2.1界面的output&transf→output→Input file,选择A-2.NTS,即可查看到品种间的遗传距离。
有了物种的ITS序列,怎么构建系统树?
我是用MEGA4软件做的。
1、打开软件,单击Alignment-Alignment Explorer/CLUSTAL,选择Retrieve sequences from a file载入下载的序列,要是fasta格式的。
2、单击Alignment-Align by Clustalw,参数默认,OK。
3、关掉窗口,选择保存。
4、回到主窗口,将保存的文件打开,关掉跳出的窗口。
5、构建NJ树。
单击Phylogeny-Bootstrap Test of Phylogeny-Neighbor-Joining.6、参数设计。
默认。
这就完成了。
接着你可以更改序列名称,选择你所要的类型图,单击Image-Save as Enhanced Metafile(EMF),导出文件。
导出的图形可用Illustrator进行编辑。
有了16SrDNA的序列,构建系统发育树要怎么做啊?
我只知道大致的方法,还望大牛指正先用Clustal或者MUSCLE把序列做对位处理(可能需要用GBLOCKS从中获取有效的序列)。
如果只想知道大致的结构(比如像你这样需要用于帮助分类),可以用Clustal或者Phylip里的NJ树会比较快。
否则的话,需要选取合适的构造算法及模型(比如比较常见的ML法和Bayesian法)。
下面两个连接可以参考一下,不过里面还是有很多复杂的东西。
如果你对此完全没概念的话,最好找些做进化或者生物信息的同学参考一下。
http://blog.sina.com.cn/s/blog_59b2eb470100del6.htmlhttp://abc.cbi.pku.edu.cn/lectures/caas08f1c.pdf另外,如果你已经有了这些序列,建议你去NCBI看看。
我记得那里有批量BLAST的工具,可能不需要构树,应该也会对你有帮助。