1. 首先用Clustal X进行序列比对:要保证:保证核苷酸序列是三的倍数,没有终止密码子,核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas
2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式。软件使用截图: 打开要换换的文件,然后“file” “save and convert sequence format”,在保存类型中选择“Yang’s PAML”。那么此时的序列名为“cox1.PML”
3 这样就可以得到文件“*.PML”,然后就直接把后缀改成“*.nuc”。那么此时的序列名为“cox1.nuc” 这样就完成了文件格式的转换。
4 打开PAML软件的文件夹,找到文件名是“bin”的文件夹,打开之后,找到程序“codeml.exe”,把该程序复制到D盘的根目录下。(这一步并不是必要的,只是要把用到的几个程序放在同一个目录下)
dambe怎样将fast格式转换为phylips格式或者paml格式
1. 首先用Clustal X进行序列比对:要保证:保证核苷酸序列是三的倍数,没有终止密码子,核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas
2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式。软件使用截图: 打开要换换的文件,然后“file” “save and convert sequence format”,在保存类型中选择“Yang’s PAML”。那么此时的序列名为“cox1.PML”
3 这样就可以得到文件“*.PML”,然后就直接把后缀改成“*.nuc”。那么此时的序列名为“cox1.nuc” 这样就完成了文件格式的转换。
4 打开PAML软件的文件夹,找到文件名是“bin”的文件夹,打开之后,找到程序“codeml.exe”,把该程序复制到D盘的根目录下。(这一步并不是必要的,只是要把用到的几个程序放在同一个目录下)
如何解读codeml的输出结果
应该放哪 1. 首先用Clustal X进行序列比对:要保证:保证核苷酸序列是三的倍数,没有终止密码子,核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas 2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式。软件使用截图: 打开要换换的文件,然后“file”
用什么生物软件能计算碱基的转换颠换数量?mega4.1行吗?怎么操作?
clust比对生成文件,dambe格式转换,mega计算
具体怎么操作啊?能留个联系方式吗?qq?
求助PAML软件 Branch-site model 操作方法
1. 首先用Clustal X进行序列比对:要保证:保证核苷酸序列是三的倍数,没有终止密码子,核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas
2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式。软件使用截图: 打开要换换的文件,然后“file” “save and convert sequence format”,在保存类型中选择“Yang’s PAML”。那么此时的序列名为“cox1.PML”
3 这样就可以得到文件“*.PML”,然后就直接把后缀改成“*.nuc”。那么此时的序列名为“cox1.nuc” 这样就完成了文件格式的转换。
4 打开PAML软件的文件夹,找到文件名是“bin”的文件夹,打开之后,找到程序“codeml.exe”,把该程序复制到D盘的根目录下。(这一步并不是必要的,只是要把用到的几个程序放在同一个目录下)
有没有会用PAML软件的
1. 首先用Clustal X进行序列比对:要保证:保证核苷酸序列是三的倍数,没有终止密码子,核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas
2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式。软件使用截图: 打开要换换的文件,然后“file” “save and convert sequence format”,在保存类型中选择“Yang’s PAML”。那么此时的序列名为“cox1.PML”
3 这样就可以得到文件“*.PML”,然后就直接把后缀改成“*.nuc”。那么此时的序列名为“cox1.nuc” 这样就完成了文件格式的转换。
4 打开PAML软件的文件夹,找到文件名是“bin”的文件夹,打开之后,找到程序“codeml.exe”,把该程序复制到D盘的根目录下。(这一步并不是必要的,只是要把用到的几个程序放在同一个目录下)
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